北京大学研究生院医学部分院前身为北京医科大学研究生院，是我国1978年恢复研究生教育制度后， 在全国高等院校中首先组建的研究生院之一。经国务院批准，于1985年1月25日正式成立。

经过二十年的不懈努力，北医的研究生教育得到了飞速发展。截至2003年12月，北医有生物学、基础医学、药学、公共卫生与预防医学、口腔医学、科学技术史、临床医学、公共管理8个一级学科博士、硕士学位授权点，49个二级学科博士点，58个二级学科硕士点。其中基础医学学科点在2003年教育部组织的全国学科评估中名列第一。

目前在岗硕士研究生指导教师520人，博士研究生导师248人。为研究生开设200多门课程。课程设置注重拓宽基础、反映学科前沿、加强实践训练、突出能力培养，因而深受学生欢迎，并吸引了其他兄弟院校的众多研究生同学选修。研究生院还实施一系列改革措施促进研究生创新意识的培养，研究生在发表学术论文的质量和数量、出席学术会议等方面都有显著增加。近年来，先后有8篇博士论文获全国优秀研究生论文奖。

　　在保证培养质量的前提下，医学部研究生规模保持了稳定增长。2004年招收国内外研究生690名，其中博士生385名；目前在校研究生1800多人。截止2003年，已毕业研究生4756人，为国家培养和输送了一大批高级医药卫生人才。

我校研究生教育坚持把德育放在首位，坚持“三个面向”，坚持德智体全发展，不断提高研究生的全面素质。现已建立12个研究生党总支、党支部，党员人数占研究生总数的三分之一。积极组织研究生社会实践和社团工作，研究生会组织的“北京大学生物医学论坛”和学术文化节已经成为具有品牌效应的学生活动。